Biophysique des micro-organismes

Les micro-organismes constituent l’essentiel de la biomasse terrestre et présentent une immense diversité de formes, de comportements et de biotopes. Nous nous intéressons plus particulièrement aux bactéries. Leur temps de génération (de l’ordre de l’heure) et leur taille (de l’ordre du micromètre) permettent de les explorer de l’échelle de la cellule unique à celle des populations composites organisées en société. Nous étudions ces systèmes sur la base du développement de dispositifs microfluidiques microfabriqués dédiés, couplé aux avancées les plus récentes de la génétique et à des approches de vidéo-microscopie et d’imagerie de fluorescence. Notre objectif est de comprendre les mécanismes qui sous-tendent les comportements de ces systèmes dans des environnements contrôlés en étudiant les relations causales de leurs propriétés physiques, physico-chimiques et biologiques.


Microrhéologie des biofilms Communautés adhérentes multi-espèces Croissance des biofilms en flux Mutagénèse: Cellule Unique, Temps Réel Microfluidique des Biofilms Epilithiques : impact du chlordécone Physique de l'étalement de colonies bactériennes

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Cycle cellulaire

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Publications

2023

Long-range alteration of the physical environment mediates cooperation between Pseudomonas aeruginosa swarming colonies - Environmental Microbiology
M. Deforet
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2022

Spatial-temporal dynamics of a microbial cooperative behavior resistant to cheating - Nature communications
H. Monaco , K.S. Liu , T. Sereno , M. Deforet , B.P. Taylor , Y. Chen , C.C. Reagor , J.B. Xavier
  URL Full text PDF Bibtex doi:https://doi.org/10.1038/s41467-022-28321-9

2021

Cooperation between melanoma cell states promotes metastasis through heterotypic cluster formation - Developmental Cell
N.R. Campbell , A. Rao , M.V. Hunter , M.K. Sznurkowska , L. Briker , M. Zhang , M. Baron , S. Heilmann , M. Deforet , C. Kenny , L. Ferretti , T.H. Huang , S. Perlee , M. Garg , J. Nsengimana , M. Saini , E. Montal , M. Tagore , J. Newton-Bishop , M.R. Middleton , P. Corrie , D.J. Adams , R. Rabbie , N. Aceto , M.P. Levesque , R.A. Cornell , I. Yanai , J.B. Xavier , R.M. White
  URL Full text PDF Bibtex doi:https://doi.org/10.1016/j.devcel.2021.08.018
Open science saves lives: lessons from the COVID-19 pandemic - BMC MEDICAL RESEARCH METHODOLOGY
L. Besancon , N. Peiffer-Smadja , C. Segalas , H. Jiang , P. Masuzzo , C. Smout , E. Billy , M. Deforet , C. Leyrat
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.1186/s12874-021-01304-y

2020

2019

Evolution at the edge of expanding populations - The American Naturalist
M. Deforet , C. Carmona-Fontaine , K.S. Korolev , J.B. Xavier
  URL Full text PDF Bibtex doi:

2018

Environmentally Mediated Social Dilemmas - Trends in Ecology and Evolution
S. Estrela , E. Libby , J. Van Cleve , F. Débarre , M. Deforet , W. R. Harcombe , J. Peña , S. P. Brown , M. E. Hochberg
  URL Full text PDF Bibtex doi:https://doi.org/10.1016/j.tree.2018.10.004
The inducible chemical-genetic fluorescent marker FAST outperforms classical fluorescent proteins in the quantitative reporting of bacterial biofilm dynamics - Scientific Reports
A. Monmeyran , P. Thomen , H. Jonquiere , F. Sureau , C. Li , M.a. Plamont , c. Douarche , j.F. Casella , A. Gautier , N. Henry
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.1038/s41598-018-28643-z
Mutation rates and effects in single cells - Science
L. Robert , J. Ollion , J. Robert , X. Song, , I. Matic, , M. Elez
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.1126/science.aan0797
Intermittent Pili-Mediated Forces Fluidize Neisseria meningitidis Aggregates Promoting Vascular Colonization - Cell
D. Bonazzi , V. Lo Schiavo , S. Machata , I. Djafer-Cherif , P. Nivoit , V. Manriquez , H. Tanimoto , J. Husson , N. Henry , H. Chate , R. Voituriez , G. Dumenil
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.1016/j.cell.2018.04.010
Archaeal cells share common size control with bacteria despite noisier growth and division - Nature Microbiology
Y.J. Eun , P.Y. Ho , M. Kim , S. LaRussa , L. Robert , L. Renner , A. Schmid , E. Garner , A. Amir
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.1038/s41564-017-0082-6
Method for Detecting and Studying Genome-Wide Mutations in Single Living Cells in Real Time - Methods Mol Biol
M. Elez , L. Robert , I. Matic
  URL Full text PDF Bibtex doi:https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7638-6_3

2017

2016

Single-cell analysis of growth in budding yeast and bacteria reveals a common size regulation strategy - Current Biology
I. Soifer , L. Robert , A. Amir
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.1016/j.cub.2015.11.067

2015

Single-Cell Analysis of Growth and Cell Division of the Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough - Frontiers in Microbiology
A. Fievet , A. Ducret , T. Mignot , O. Valette , L. Robert , R. Pardoux , A. Dolla , C. Aubert
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.3389/fmicb.2015.01378
Size sensors in bacteria, cell cycle control, and size control - Frontiers in Microbiology
L. Robert
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Statistical estimation of a growth-fragmentation model observed on a genealogical tree - Bernoulli
M. Doumic , M. Hoffmann , N. Krell , L. Robert
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.3150/14-BEJ623

2014

Division in Escherichia coli is triggered by a size-sensing rather than a timing mechanism - BMC Biology
L. Robert , M. Hoffmann , N. Krell , S. Aymerich , M. Doumic
  URL Full text PDF Bibtex doi:10.1186/1741-7007-12-17