Physique de l'étalement de colonies bactériennes

Membres permanents : Maxime Deforet.

 

La matière active, un terme que les physiciens utilisent pour décrire des systèmes où un grand nombre d’agents consomment de l’énergie pour de déplacer ou exercer des forces mécaniques, est devenue un champ de recherche important en biophysique. Une colonie de bactérie motile est un bon exemple de matière active en croissance : chaque cellule peut grandir et se diviser, et elle peut se déplacer grâce à l’action de son flagelle. La matière active en croissance avec des micronageurs posent des questions spécifiques : Quelle est la contribution de la croissance aux motifs d’ordre à grande portée qui sont typiques des suspensions denses de bactéries ? Quelle est l’influence des modes de nages, tels que les modes de traction ou de poussée qui catégorisent les micronageurs, dans l’alignement nématique ? Comment les effets physiques se traduisent à travers les échelles ? Nous utilisons la bactérie Pseudomonas aeruginosa comme un système modèle expérimental pour répondre à ces questions. Nous utilisons un ensemble de systèmes d’imagerie et de méthodes optiques à toutes les échelles, de la cellule unique jusqu’à la colonie entière, ainsi que le génie génétique pour moduler la motilité comme un variable expérimentale.

 


Publications

2024

DiSTNet2D: Leveraging Long-Range Temporal Information for Efficient Segmentation and Tracking - PRX Life (Apr. 2024)
J. Ollion , M. Maliet , C. Giuglaris , E. Vacher , M. Deforet
  URL Full text PDF Bibtex doi:https://doi.org/10.1103/PRXLife.2.023004

2023

Direct comparison of spatial transcriptional heterogeneity across diverse Bacillus subtilis biofilm communities - Nature communications (Nov. 2023)
Y. Dergham , D. Le Coq , P. Nicolas , E. Bidnenko , S. Dérozier , M. Deforet , E. Huillet , P. Sanchez-Vizuete , J. Deschamps , K. Hamze , R. Briandet
  URL Full text PDF Bibtex doi:https://doi.org/10.1038/s41467-023-43386-w
DistNet2D: Leveraging long-range temporal information for efficient segmentation and tracking - Arxiv (Oct. 2023)
J. Ollion , M. Maliet , C. Giuglaris , E. Vacher , M. Deforet
  URL Full text PDF Bibtex doi:https://doi.org/10.48550/arXiv.2310.19641
Long-range alteration of the physical environment mediates cooperation between Pseudomonas aeruginosa swarming colonies - Environmental Microbiology (Mar. 2023)
M. Deforet
  URL Full text PDF Bibtex doi:https://doi.org/10.1111/1462-2920.16373