Olivier Ameline a le plaisir de vous inviter à sa soutenance de thèse le vendredi 29 juin 2018 à 9h45 en salle 211, tour 55-65 2ème étage, 4 place Jussieu, Paris.

Calcul de configurations de tiges élastiques pour la modélisation des acides nucléiques

Résumé:

Dans le cadre de l’approche Biopolymer Chain Elasticity, cette thèse s’intéresse à la modélisation des acides nucléiques par des tiges élastiques. Motivée par de nombreux travaux théoriques et expérimentaux, cette approche innovante a été validée sur plusieurs structures dites en épingle à cheveux et s’avère particulièrement adaptée à l'implémentation de simulations interactives. Pour en tirer le meilleur parti, deux problèmes de mécanique des tiges doivent cependant être résolus. Premièrement, il s’agit de classer l’ensemble des configurations d'équilibre des tiges élastiques, afin d’en faire des outils de description, d'analyse et de comparaison des molécules qu'elles représentent. Deuxièmement, une méthode doit être mise en place pour calculer ces configurations sous des conditions d’encastrement spécifiées. Pour résoudre ces deux problèmes, une description complète de la statique des tiges 3D dites idéales est établie. Des propriétés géométriques sont identifiées : les tiges élastiques sont inclues à l'intérieur d'un tube hélicoïdal, et s'enroulent autour de l'axe de ce tube avec trois propriétés de chiralité. Cela conduit à deux classifications des configurations d’équilibre, en fonction des chiralités puis du tube enveloppe. Enfin, une méthode de calcul de géométrie inverse est proposée et implémentée, pour imposer des conditions d'encastrement 3D aux tiges élastiques.